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Hyperchem版是一款專業的分子模擬軟件。Hyperchem最新版使用時可以輸入結構、讀取數據文件盒直接作文字，以球、棍及其混合模式等不同方式顯示分子。Hyperchem版支持的計算方法有從頭計算，半經驗方法，分子力學，混合計算等，同時還支持用戶定制的外部程序。

基本簡介

Hyperchem是一款以高質量、靈活、易作而聞名的分子模擬軟件，可通過3D對量子化學進行一個全面的計算，有著方便的模擬工具、美觀的圖形界面，可通過量子化學的半經驗方法(AM1、PM3等)、從頭算方法(UHF、RHF、CI等)、密度泛函方法進行計算，進行單點能、幾何優化、分子軌道分析、蒙特卡羅和分子力學計算、可見-紫外光譜等功能，為用戶更方便、簡潔的實現工作上的種種需求。

功能介紹

1、輸入結構、讀取數據文件盒直接作文字，以球、棍及其混合模式等不同方式顯示分子;

2、用量子化學或經典勢能曲面方法。進行單點、幾何優化和過度態尋找計算。

3、支持的計算方法有：從頭計算，半經驗方法，分子力學，混合計算等;

4、支持用戶定制的外部程序;

5、其他模塊：PAYTRACE模塊、RMSFit、SEQUENCE編輯器、晶體結構器糖類結構器、構象搜尋、QSAR特效、腳本編輯器;

6、新的力場方法：Amber2、Amber3、用戶糖類的Amber、Amber94、Amber;

等等……

使用方法

hyperchem的基本作

一、畫原子

1、打開Element Table對話框。這里有兩種方法：

在Build菜單中選擇Deflt Element，或者雙擊Drawing工具。DefltElement對話框允許從周期表中選擇缺省元素。

2、如果單擊Pperties…按鈕，將顯示當前選擇元素的物理屬。也可以

按下Shift鍵同時單擊元素按鈕，結果是一樣的。單擊OK鍵，物理屬框消失。

3、如果Allow Ions或者Explicit Hydgens打開(用對勾選擇)，左鍵單擊這些選項使其關閉。

4、在缺省元素列表中選擇Carbon，接著關閉元素對話框。缺省元素將設置為碳。當然也可以把打開的Deflt Element對話框移走，這樣可以看到HyperChem工作區。當畫原子非常多的分子時，這是非常有效的。

5、左鍵單擊Drawing工具，把指針移到工作區。

6、左鍵單擊工作區左下角，將出現一個小圈，代表未成鍵的碳原子。

7、在工作區不同位置畫更多的原子。

二、畫價鍵

1、把指針移到剛才畫的第一個碳上。

2、按下鼠標左鍵。這是價鍵在第一個原子的位置。

3、保持鼠標按鈕按下的同時拖向工作區的頂端。

4、放開鼠標按鈕。這是價鍵在第二個原子的位置。一條線代表兩個碳原子之間的價鍵。

5、用仍舊停留在價鍵末端的指針, 用左鍵拖向工作區右下角。

6、放開鼠標按鈕。這是第三個原子的位置。

7、在空白工作區畫六個價鍵，形成一個環。

現在你清楚了如何畫原子和分子，并且學會了一些基本技巧。

三、選擇原子

在這個練習中，通過選擇原子，你可以學到基本的選擇技巧。首先必須設置選擇的級別[原子(atoms)，基(residues)，或分子(molecules)]，這里設置為原子(atoms)。

1、左鍵單擊Select菜單。

2、左鍵單擊選擇Atoms。

接下來，關閉Multiple Selections：

1、左鍵單擊Select菜單。

2、如果Multiple Selections打開，左鍵單擊來關閉它。

這樣當你重新選擇一個原子或者一組原子的時候，前面的選擇將會取消。

四、刪除原子

1、左鍵單擊Drawing工具進入繪圖模式。

2、右鍵單擊想要刪除的原子，或者想要刪除的價鍵中部。原子和價鍵就會消失。

更新志

1、OpenGL繪圖： 基的演示模式已全部轉換為全新的 OpenGL 模式，使分子演示圖形具有更高質量

2、支持自定義色彩 ： 1600 萬種顏色代替了傳統的 8 種標準色。

3、混合演示： 棒型，球型或組合型等分子演示手段可以用于該分子的任意原子及鏈段的演示。

4、原子的 ” 管型 ” 演示：全新的適用于原子的 ” 管型 ” 演示 : 全新的適用于原子的 ” 管型 ” 演示。

5、增強的蛋白質模型構建功能，支持多種蛋白質次級結構演示，大分子的電子密度近似方法。